《管理办法》共4章，主要内容如下：

第一章总则，制定市级林业长期科研基地管理办法的重要意义，规范长期科研基地开展的工作及行业主管部门、归口管理单位和基地的职能职责等内容。

第二章申报条件和程序，规范市级林业长期科研基地的申报条件、申报流程、基地命名等内容。

第三章运行管理，规范市级林业长期科研基地的管理，明确市级林业长期科研基地实行专人负责制；明确技术依托单位和建设单位的职责、权利和义务；长期科研基地考评制度；行业主管部门、归口管理单位在资金保障、人才支持、基础设施建设等方面给予支持等内容。

第四章附则，明确办法的施行时间。